La Escuela de Artes y Oficios se mantuvo vigente entre 1867 y 1876, fecha en la cual se cerró definitivamente. Por varias razones, el proyecto no prosperó. En primer lugar, debido al incumplimiento de los acuerdos para su sostenimiento por parte de los entes gubernamentales (Gobierno Nacional, el Estado Soberano de Cundinamarca y la Municipalidad de Bogotá); segundo, por la no consecución de recursos propios; y tercero, por la falta de voluntad política para invitar a expertos europeos en oficios o dotar los talleres de equipo necesario, mecánico y docente. Aunque llegaron a asistir regularmente cerca de 300 alumnos, las clases eran puramente teóricas y se enfocaban a subsanar deficiencias de la instrucción básica de los jóvenes varones en escritura y lectura.
Dos factores desencadenaron el cierre de la Escuela de Artes y Oficios (adscrita a la Universidad Nacional). Primero, la dinámica de escuela popular que fue adquiriendo, ajena totalmente a la educación esperada por las élites; y segundo, el desprestigio paulatino que sufrió el pensamiento liberal (vigente en la capital del país) que fundamentaba el progreso en la instrucción técnica de los pueblos. En resumen, se consideró que esta idea ya no era una estrategia para el desarrollo del país. En ese momento, se genera un creciente interés en la enseñanza de las bellas artes más cercana a las élites de hacendados y de burgueses, los cuales constituían el grueso del Gobierno nacional y municipal de la capital. Con ello se menoscaba la enseñanza de artes y oficios para la cual no siguieron destinando recursos públicos.
Con el cierre de esta escuela, el Estado colombiano abandonó el proyecto de artes y oficios para la capital y sus estados dependientes. Ninguna universidad estatal en Colombia volvió a crear un programa con esta área de estudio. A partir de 1886, se delegó esta función al Instituto Nacional de Artesanos, entidad de bajo perfil donde se impartían clases de lecto-escritura a un artesanado empobrecido e ignorante sin ninguna conexión con la universidad.
En 1867, bajo el mandato del presidente Tomás Cipriano de Mosquera (1861−64 y 1866?67), el Congreso creó un Instituto Nacional de Artes y Oficios. En 1867, al ser concebida la Universidad Nacional de los Estados Unidos de Colombia, se derogaron los decretos de creación del Instituto Nacional de Artes y Oficios y de otras dos escuelas. La Escuela de Artes y Oficios de la Universidad funcionó hasta 1876 en el Convento del Carmen de la ciudad de Bogotá. En 1876, el Gobierno Nacional abandonó el proyecto de la Escuela de Artes y Oficios interesándose sólo en las bellas artes. Hacia 1882, se creó el Instituto de Bellas Artes que reunía las Escuelas Vásquez, Guarín y Arrubla de Grabado y Dibujo de Bogotá. No se llevó a cabo este proyecto; las escuelas siguieron funcionando independientemente. En 1886, se fundó la Escuela Nacional de Bellas Artes de la Universidad Nacional de Colombia (hoy, en 2010, se conoce como Escuela de Artes Plásticas de la Universidad Nacional de Colombia).